Oleh kerana sistem pendidikan Yayasan Islam Kelantan merupakan sistem Serampang Dua Mata, maka peperiksaan yang akan diambil oleh pelajar-pelajar berkenaan terbahagi kepada dua jenis:

Pelajar-pelajar di Sekolah Menengah Ugama (Arab) Yayasan Islam Kelantan berpeluang untuk mengambil kedua-kedua jenis peperiksaan iaitu Peperiksaan Awam Pendidikan Kebangsaan yang dikendalikan oleh Lembaga Peperiksaan Malaysia dan Majlis Peperiksaan Malaysia : PMR, SPM dan STPM . Pelajar-pelajar juga berpeluang untuk mengambil Peperiksaan Agama/Arab yang dikendalikan oleh Lembaga Peperiksaan Yayasan Islam Kelantan yang bertanggungjawab secara langsung dalam penyediaan dan pengelolaan peperiksaan tersebut.

Lembaga Peperiksaan Yayasan Islam Kelantan mengendalikan beberapa jenis peperiksaan untuk pelajar-pelajar di Sekolah Menengah Ugama (Arab).

Peperiksaan yang dikendalikan oleh Lembaga peperiksaan YIK ialah PMRU, SMU, STUP, STTUP, Peperiksaan 'Aliah, SMTQ, STTQ dan Ujian Kelayakan.